[스크랩] PCR에서 GC enhancer의 역할

PCR 관련 제품 제조회사에서 GC enhancer, band helper 등등으로 판매하는 제품이 어떠한 원리로 작동하는지 검색하다가 유용한 답변이 있어, 스크랩한다.

해당 solution에는 betaine과 비슷한 물질이 포함되어 있는데, 이 물질은 AT의 이중 수소 결합과 GC의 삼중 수소 결합에 영향을 미치고, 결론적으로 GC 결합의 안정도를 AT 결합보다 더 떨어뜨려 AT와 GC의 안정도의 차이를 줄여주는 효과를 일으킴으로써 GC content의 차이에 의해서 PCR이 영향을 받는 걸 줄여준다.

• Betaine has a sequence independent destabilizing effect on all DNA base pairing interactions due to its charged nature. This reduces the stability of hydrogen bonds and lowers the Tm of AT and GC rich regions by roughly the same amount. With this effect alone, GC rich regions would still have higher Tm’s relative to AT rich regions.
• Betaine also binds preferentially to the major groove of AT sites due to a slight hydrophobic effect between betaine and thymine’s major groove methyl group. This has a sequence dependent stabilizing effect that increases the stability of the double strand DNA in AT regions relative to GC regions.

 

[Reference]

Why do some PCR kits include GC Enhancer solution? What does this chemical do?

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