임상 검사 및 연구 목적의 검사로 시행하는 염기서열 분석 방법은 기존의 생거 시퀀싱에서 차세대 염기서열 분석법 (Next-generation sequencing; 이하 NGS)로 빠르게 바뀌어서, 이제는 대부분 NGS로 생산된 엄청난 유전체 데이터가 쏟아지고 있습니다. 하지만 이러한 데이터의 생산보다 더 중요한 것은 어떠한 목적과 목표를 가지고 생산된 데이터를 활용할 것인가에 있다고 하겠습니다. 그래서 이번 포스팅에서는 NGS 기술을 이용하여 DNA 시퀀싱을 하는 대표적인 3가지 검사법에 대해서 비교 및 정리하고자 합니다.
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NGS 타깃 시퀀싱 패널 검사의 분석 및 해석시 고려할 사항
NGS Targeted Gene Panel 디자인을 위한 고려 사항
Exome sequencing을 위해 고려할 요소들: capture kit와 target coverage 선택
I. Whole Genome Sequencing (WGS)
유전체 전체의 시퀀스를 모두 검사하는 방법입니다. 유전체 전부를 보기 때문에, 개별 시퀀스의 깊이 (depth)는 낮아지지만, 이론적으로 유전체 모든 영역의 SNP (Single Nucleotide Polymorphism), INDEL (Insertion & Deletion), SV (Splicing variant), CNV (Copy number variant) 등을 확인할 수 있습니다 (물론 short-read에서는 repetitive 영역을 모두 보는 것은 불가능합니다). 단, 검사 단가가 비싸고 생산된 유전체의 크기가 매우 커서 분석 및 저장에도 많은 비용이 들어갑니다. 그러나 non-coding 영역의 regulatory variant를 발굴하고, 전체 유전체 영역을 동일하게 가정하는 Genome-wide Null 분석이 가능한 장점이 있습니다.
II. Whole Exome Sequencing (WES)
유전체 중에서 단백질을 직접 코딩하는 엑손 영역 (Exome; 엑솜)의 유전체만을 분석하는 방법입니다. 사람의 경우, Exome은 전체 유전체의 2% 미만이기 때문에 WGS보다 생산되는 데이터의 크기가 작아, 저장 및 연산 용량도 줄어들고 가격도 저렴합니다. WGS을 분석하더라도 많은 경우, non-coding 영역의 변이는 해석이 어렵고 크게 의미 있는 결과를 얻는 경우가 많지 않기 때문에 WES이 더 경제적이고 더 높은 depth를 얻을 수 있는 장점이 있습니다. 하지만, 타겟 영역을 제외한 부위 (Intergenic 또는 Intron 영역의 regulatory variant)는 검출이 어렵습니다.
III. Targeted Gene Sequencing (TGS)
특정 질병 또는 목적에 부합하는 유전자들로만 구성된 Customized 패널을 구성하여 검사하는 방법입니다. 상대적으로 좁은 영역의 유전체만을 대상으로 하기 때문에, 적은 용량의 데이터를 생산해도 높은 시퀀싱 Depth를 얻을 수 있고, 가격적으로도 가장 저렴합니다. 효율적으로 원하는 유전자들로 입맛에 맞게 유전자 패널을 구성하여, 데이터의 연산 및 저장 용량도 줄일 수 있습니다. 대표적으로 약물 대사에 관련된 유전자로 구성된 약물 유전체 패널, 암 발생과 관련된 유전자들로 구성된 고형암 패널 등이 있습니다. 타겟으로 하는 유전자가 명확하고 보고자 하는 영역이 명확한 경우에 가장 적절하여, 임상 검사실에서 가장 많이 사용하는 검사 방법입니다.
위의 3가지 검사법을 결정해야할 때 고려해야할 요소는 크게 다음과 같습니다.
- 검사 목적: 진단용인가? 연구용인가? 연구용이라면, 연구 대상의 유전자가 제한된 연구인가 또는 새롭게 발굴하는 것이 목적인가?
- 분석 대상: 특정 유전자에 한정할 것인가? 해석이 용이한 엑손 영역에서 새로운 유전자를 발굴할 것인가? 전체 유전체에서 탐색적으로 연구할 것인가?
- 검체 이용 및 시퀀싱 깊이: 어떠한 검체를 이용할 것이며, 시퀀싱 깊이는 어느 정도가 적절한가?
- 검사 비용 및 분석 능력: 시퀀싱 결과 생산된 데이터의 크기가 매우 크기 때문에 이것을 분석하는 컴퓨팅 파워 및 용량, 전체적인 비용도 고려해야 합니다.
올해부터 한시적으로 임상 검사의 목적으로는 타겟 시퀀싱 패널 (TGS)에 대해서 보험 급여가 인정되어 임상 검사실에서 시행되고 있고, WES 및 WGS의 경우에는 진단의 목적보다는 연구 목적으로 새로운 후보 유전자 또는 영역을 발굴하는 목적으로 많이 사용하고 있습니다. 위의 3가지 외에도 최근에는 Clinical Exome Sequencing이라고 하여, 전체 엑손 영역 중에서 임상적으로 질병과 연관된 유전자들로만 구성된 일종의 광범위 타겟 시퀀싱 패널과 같은 검사도 WES보다 좀 더 저렴하게 검사가 가능합니다.
또한, 연구자의 입장에서 비용 만을 생각하면 시퀀싱보다는 micro-array 기반의 검사가 더 저렴하고 간편한 경우도 있기 때문에 (e.g. 한국인칩 ㅠㅠ), 목적에 적합한 검사를 선택하는 것이 중요하다고 할 수 있겠습니다. Array 검사법과 시퀀싱 검사법의 비교는 나중 포스팅에서 다루도록 하겠습니다.
[References]
https://blog.genohub.com/2015/02/21/whole-genome-sequencing-wgs-vs-whole-exome-sequencing-wes/
https://blog.genohub.com/2016/10/24/targeted-gene-panels-vs-whole-exome-sequencing/
두마디 정밀의료 