Excel을 이용한 Forest plot 그리기

최근에 논문 작업에 집중하다보니 블로그 업데이트가 소홀해지게 되네요. 오늘은 최근 논문 작업을 하면서 유용하게 활용하였던, 엑셀을  이용한 Forest Plot을 그리는 내용을 포스팅해볼까 합니다. 저도 코딩은 남이 만든 것들은 살짝 바꿔서 사용하는 초보라서, 코딩 후 프로그램을 이용해서 그리는 것보다는, 그림을 기호에 맞게 요리 조리 수정하는데는 아무래도 엑셀과 파워포인트가 더 쉬운 사람입니다. 그래서 논문 Figure 작업을 할 때는 엑셀을 이용하여 뼈대를 그리고, 파워포인트로 세부적인 내용들을 수정해주는게 아무래도 편합니다.

흔히 메타 분석(Meta-analysis)이라고 하는 분석법은 다양한 논문에서 보고한 어떤 인과 관계들을 종합적으로 합쳐서 더 큰 사이즈에서 분석을 하는 방법으로 분석 위의 분석이라고 불리고 있습니다. 이러한 메타 분석에서 자주 사용하는 Plot 중에 하나가 Forest plot이라고 부르는 숲 도표인데요. 다양한 요인에 대해서 어떠한 이벤트가 발생할 위험도(Hazard ratio, HR) 또는 오즈비(Odds ratio, OR)를 도표로 나타내게 됩니다. 아래 슬라이드는 OR를 계산하는 방법을 나타내주고 있는데, 쉽게 말해서 오즈비는 어떤 조건에 노출된 그룹과 그렇지 않은 그룹 간에 어떤 이벤트 (흔히 질병)가 얼마나 더 많이 발생했는가를 비율로 나타낸 것으로 이해하면 됩니다. 즉, OR가 클수록 질병과 노출된 조건 간에 강한 인과 관계를 갖고 있게 됩니다.

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아래 링크의 논문은 친절하게도 이러한 Forest plot을 엑셀을 이용하여 그리는 방법을 친절하게 설명해주고, Supplementary data에는 무려 해당 엑셀 파일을 가져다 쓸 수 있게 제공해주고 있습니다. 아래 링크의 파일을 다운로드 받아서, 그리고자 하는 데이터를 집어 넣으면 손쉽게 Forest plot을 그릴 수가 있습니다. 아래 그림은 해당 링크가 제공하는 파일을 이용하여 그린 Forest plot 되겠습니다.

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추가로, 엑셀로 Forest Plot을 그리는 방법을 친절히 설명하고 있는 6분 짜리 유튜브 영상과 다른 유용한 웹사이트도 첨부합니다. 아래 사이트에서도 역시 엑셀 예시 파일을 제공하고 있으니, 적절하게 변형해서 사용하면 무리없이 그림을 그릴 수가 있습니다. 세부적인 에러바나 색깔을 엑셀의 기능을 이용하여 변경하고, 완성된 그림은 홈> 복사> 그림으로 복사> 화면에 표시된대로를 이용해서 파워포인트로 메타 형식으로 전송하고, 역시 그림 편집 기능을 이용하여 각각의 세부적인 내용을 더 다듬어 주면 예쁜 그림을 그릴 수가 있습니다.

 

 

FOREST PLOTS IN EXCEL

 

 

[Reference]

Neyeloff, Jeruza L., Sandra C. Fuchs, and Leila B. Moreira. “Meta-analyses and Forest plots using a microsoft excel spreadsheet: step-by-step guide focusing on descriptive data analysis.” BMC research notes 5.1 (2012): 52.

Electronic supplementary material

https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2F1756-0500-5-52/MediaObjects/13104_2011_1382_MOESM1_ESM.XLSX

 

Excel을 이용한 Heatmap 그리기

논문에 Figure로 Heatmap을 넣는 경우가 많은데, R이나 기타 프로그램을 이용하여 그림을 그릴 수도 있지만, 사실 가장 간단한 방법은 엑셀로 그리는 방법입니다. 그래서 이번에는 Excel을 이용하여 논문의 Figure로 쓸수 있는 Heatmap을 그리는 방법을 정리해보고자 합니다. 엑셀의 하나의 셀이 각각의 heatmap에 해당하는 부분이 됩니다.

 

  1. Heatmap으로 나타내고자 하는 각각의 셀에 해당하는 값을 지정하고, 홈> 조건부서식> 색조 설정을 이용하여 색을 칠한다.
  2. Heatmap 영역 지정 > 마우스 오른쪽 버튼 > 셀서식 > 표시형식 > 사용자 지정형식 칸에 세미 콜론 3개 (;;;)를 입력하여, 셀 내부의 값을 숨긴다.
  3. Heatmap 영역 지정 > 서식>  셀크기> 행 높이와 열 너비를 적당히 지정하여 Heatmap의 크기를 적당히 조절한다.
  4. 기타 추가로 필요한 셀들의 크기나 글자 등을 손질하여 보기 예쁘게 조절한다.
  5. 전체 완성된 그림을 홈> 복사> 그림으로 복사> 화면에 표시된대로 후에 파워포인트에 붙여넣기 한다.
  6. 복사를 비트맵이 아닌 그림으로 하면, 메타 파일 형식으로 전송되기 때문에 파원포인트에서 추가적으로 수정이 가능하다. 마우스 오른쪽 버튼을 누르고 그림 편집, 그룹 해제를 하면 각각의 내용까지도 수정 및 편집이 가능하다!
  7. 파워포인트에서 최종 그림을 완성한 후에 논문 출판용 300 DPI 포맷으로 저장한다.


 

아래 그림은 위의 과정으로 완성한 Heatmap이다.

그림1

 

[References]

https://www.ablebits.com/office-addins-blog/2013/10/18/change-background-color-excel-based-on-cell-value/

https://support.office.com/en-us/article/display-or-hide-cell-values-b3abc615-fa58-481e-9a1c-b3e0b624ab04

https://www.ablebits.com/office-addins-blog/2013/08/27/save-excel-chart-as-image/