AlphaFold를 이용한 단백질 구조 예측

최근 Alphafold의 소스 코드와 전체 단백질 예측 구조 데이터 베이스가 공개되면서, 정말 다양한 방면에 활용이 가능할 것으로 생각되고 있습니다. 유전체 연구자의 입장에서는 Alphafold를 이용하면 수 많은 변이들의 in-silico structural prediction이 가능하기에, 과거에 존재하던 variant prediction tool들 보다 훨씬 강력하고 정확한 예측 도구가 나타날 것으로 생각됩니다. 이번 포스팅은 공개된 Alphafold2의 소스 코드와 데이터 베이스 자료를 정리해보고자 합니다.

[Alphafold2 모델 모식도]

Alphafold2의 경우, 기존에 실험적으로 17% 정도만 알려져있던 단백질의 3차원적인 구조를 딥러닝 기법을 활용하여, 존재하는 거의 모든 단백질에 대해서 높은 정확도로 예측하여 해당 구조를 데이터베이스로 제공하고 있습니다. 이는 과거에 알지 못했던 많은 단백질의 3차원 구조들에 대한 높은 예측을 제공하기 때문에, 완전히 새로운 필드를 열었다고 해도 과언이 아닙니다. 특히나 단백질의 3차원 모델화가 가능하다는 것은 이 모델을 활용하여 추후에 파생되는 약물 상호 작용이나 변이의 효과에 대한 예측도 가능하다는 이야기가 되기 때문에, 그 파급력은 더욱 클 것으로 생각됩니다.

현재 AlphaFold Protein Structure Database는 약 2만개의 단백질에 대한 정상 구조를 예측되어 제공하고 있지만, 개인적으로는 인간의 유전체에 존재하는 수 많은 변이 (Missense & Indel variants) 에 대해, mutant protein 들의 예측도 포함하는 Database가 update가 되길 기대해 봅니다. 현재까지의 아미노산 서열의 변화에 대한 많은 예측 Tool이 개발되었지만, 임상적으로 해석하고 활용하기에는 많은 한계가 있었는데, 최종 변이 단백질의 구조를 높은 정확도로 예측할 수 있다면, 그 해석과 활용도 용이해지기 때문입니다. 단백질 하나에 존재할 수 있는 아미노산 변이의 종류는 수만가지가 넘을 것이기 때문에 (아미노산 20종 x 단백질 서열 크기 500~2,000개 아미노산), 이러한 Database를 구축하기 위해서 컴퓨터가 연산해야할 데이터량이 무지막지하겠지만, 결국에는 이러한 in-silico saturated mutagenesis proteome Database도 추후에 구축되지 않을까 예상합니다. (비트 코인 채굴하는 자원이면, 금방 될 듯 합니다…)

[관련 포스팅 보기]

[References]

Deepmind Blog 소개 글: https://deepmind.com/blog/article/putting-the-power-of-alphafold-into-the-worlds-hands

Open source github 자료: https://github.com/deepmind/alphafold/

AlphaFold Protein Structure Database: https://alphafold.ebi.ac.uk/

Jumper, John, et al. “Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold.” Nature (2021): 1-11.

Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A. et al. “Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold”. Nature (2021).

[유전학 중요개념 정리] 오믹스 (Omics) 와 단일 세포 시퀀싱 (Single cell sequencing)

현재 있는 미국의 연구실은 다양한 Omics 데이터를 종합적으로 분석하여, 소아 신증후군의 정밀 의료 실현을 위한 연구를 진행하고 있습니다. 아래의 관련 포스팅과 같이, 다양한 유전체 연구 결과 대부분의 복합질환 질병 발생은 유전체의 유전자 발현을 조절하는 부분, 그리고 non-coding 영역에 존재함을 확인하게 되었습니다. 이에 연구자들은 이러한 부분이 어떠한 기작을 통해서, 질병을 발생을 시키는지에 대한 연구를 진행하고 있으며, 이러한 연구 방법론의 하나로 다양한 오믹스 관련 생명 정보들을 통합적으로 분석하고 있습니다. 오늘은 (최근에 미국의 PI와 관련 리뷰 논문을 준비하게 되어,) 오믹스 관련 분석 중에서 중요한 단일 세포 시퀀싱 (Single Cell Sequencing) 기술에 대해서 정리하는 포스팅을 남기고자 합니다.

[관련 포스팅 보기]

Omics의 개념

단일 세포 시퀀싱을 언급하기에 앞서, Omics 의 개념에 대해서 간단히 정리하고자 합니다. -ome은 집합체 (집단, 묶음)를 의미하는 접미어로 Genome (유전자의 집합체 = 유전체), Epigenome (후성 유전인자의 집합체 = 후성유전체), Transcriptome (전사인자의 집합체 = 전사체), Proteome (단백질의 집합체 = 단백체) 등 일반적으로 생물 유래의 집합체를 모두 총칭합니다. 아래 그림과 같이, 이외에도 Metabolome (대사체), Microbiome (미생물군유전체) 등을 포함하고 있습니다. 인간의 유전자 서열 (Genome)은 고정되어 있지만, 조직과 세포 종류에 따라서 유전자의 발현이 달라지고, 그에 따라 단백질의 양과 기능도 달라지게 됩니다. 즉, 유전자 서열을 해독하는 것 이상으로 훨씬 더 복잡한 유전자의 조절 기작을 이해하는 것이 질병 발생 메커니즘을 밝혀, 치료에 적용하는데 매우 중요하게 됩니다. 따라서, 유전자 서열 만으로는 설명이 되지 않는 많은 부분들은 그 보다 더 높은 차원에 존재하는 다양한 Omics들을 분석함으로써 이해하고자 하는 것이 Omics의 목표입니다.

단일 세포 분석이 왜 중요한가? Bulk vs. Single cell

우리 몸의 모든 세포는 체세포 변이 (Somatic mutation)를 제외하고 기본적으로 동일한 유전자의 염기 서열 (Germline)을 공유하고 있습니다. 그러나 조직과 기관에 따라 다양한 세포군이 서로 다른 기능을 수행하면서 생명현상을 이어나가고 있습니다. 따라서 세포의 종류에 따라 세포 특이적인 유전자의 발현 패턴의 차이를 확인하는 것은 매우 중요하게 됩니다. 그러나 전통적인 Bulk RNA-seq (전사체 시퀀싱)의 경우는 모든 세포들을 하나로 pooling하여 유전자의 발현량의 평균 값만을 구할 수 있게 됩니다. 그에 반해 단일 세포 시퀀싱 (Single cell RNA-seq)은 개별 세포를 세포의 종류에 따라 분류하고, 개별 세포의 발현량을 구할 수 있기 때문에 더 정확하게 개별 세포의 유전자 발현량의 차이를 알 수 있다는 장점이 있습니다. 특히나 종양 세포와 같은 경우에는 이질성 (Tumor heterogeneity)이 매우 크기 때문에, 집단의 유전자 발현이 개별 세포를 모두 대표하기 어려운 경우가 많습니다. 이러한 장점으로 인해, 최근에는 단일 세포의 다양한 omics data를 profiling하는 것이 점점 폭넓게 연구되고 있습니다.

[Bulk vs. Single cell RNA 시퀀싱의 비교] 기술적 발전으로 인해, 개별 세포의 유전자 발현 패턴을 더 정확하게 검출할 수 있게 되었습니다.

어떻게 단일 세포로 분리하는가?

[세포를 단일 세포로 분류하는 다양한 방법들]

위 그림은 세포들을 개별 세포로 분리하는 다양한 기술들을 보여주고 있습니다. 최근 널리 쓰이는 가장 대표적인 기술은 세포들을 개별 미세 유체 방울로 분리하는 Microfluidic droplet 기반의 기술 (Chromium 10X)과 비슷하게 하나의 plate에서 미세하게 세포를 흘려 분리하는 Microfluidic plate 기반의 기술 (Fluidigm C1)이 있습니다. Fluidigm C1 기술은 구분할 수 있는 세포의 수는 적지만 더 폭넓고 많은 전사체 시퀀싱 결과를 얻을 수 있다는 장점이 있고, Chromium 기술은 그에 반해 더 많은 수의 세포를 얻을 수 있지만, 얻을 수 있는 시퀀싱 리드의 정보는 제한적이라는 차이가 있습니다. 아래 표와 같이 연구자들은 실험의 목적에 따라서 각 방법의 장단점을 파악하고 사용하는 것이 좋겠습니다.

다음 포스팅에서는 이러한 단일 세포 분석 기술을 바탕으로 Epigenome과 Transcriptome을 분석하는데 중요한 개념인 scATAC-seq에 대해서 정리하도록 하겠습니다.

[ References ]

Murphy, Rachel. “An Integrative Approach to Assessing Diet–Cancer Relationships.” Metabolites 10.4 (2020): 123.

Kolodziejczyk, Aleksandra A., et al. “The technology and biology of single-cell RNA sequencing.” Molecular cell 58.4 (2015): 610-620.

Kashima, Yukie, et al. “Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses.” Experimental & Molecular Medicine 52.9 (2020): 1419-1427.