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Gene assembly method: SLIC, Gibson and CPEC assembly

유전자 조각 단편(fragments)들을 하나의 유전자로 assembly 하는 다양한 방법들 정리.

1) SLIC (sequence and ligase independent cloning)

  • Nature Methods 4, 251–256 (2007)에 소개.
  • 3′ exonuclease를 사용하고, dCTP를 넣어준다는 점이 특징.

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2) Gibson assembly

  • Nature Methods 6, 343–345 (2009)에 소개
  • 5′ exonuclease를 사용하고, 따로 dNTP를 넣어주지 않는다.

pastedImage43)  CPEC (circular polymerase extension cloning)

  • Circular Polymerase Extension Cloning of Complex Gene Libraries and Pathways. PLOS ONE 4(7): e6441. 에 소개
  • Homology 기반으로 overlap을 만들고, dsDNA를 denature 한 후 annealing이 된 상태에서 extension을 진행하여, PCR 1 step을 돌리는 방법.

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4) GeneArt® Seamless Cloning vs. In-Fusion® Cloning

위의 원리들에 기반하여 상용화시킨 제품으로 Homology sequence를 25bp에서 15bp로 줄여서 더 유용하게 이용할 수 있도록 개량하였다. Geneart 제품은 Life Technologies 사에서 개발했고, 상온에서 반응이 가능한 반면, In-Fusion 제품은 Clontech 사에서 개발했고 반응 온도가 Gibson assembly와 동일한 50도이다.

 

[Reference]

https://j5.jbei.org/j5manual/pages/22.html

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